بر پایه تحقیقات یک کمیسیون حقیقت‌یاب ریشه جنگ داخلی گواتمالا فرهنگ نژادپرستی  حاکمان اسپانیایی‌تبار و سفیدپوست این کشور بود.

نیروهای دولتی در جریان جنگ داخلی و بویژه بین سال‌های 1978 تا 1985 میلادی اقدام به 629 فقره قتل عام بومیان قوم مایا و نیز دورگه‌ها کرده بودند. در جنگ داخلی گواتمالا 200هزار نفر توسط نیروهای دولتی به قتل رسیدند که 83 درصد آنها از قوم مایا و 17 درصد آنها دورگه‌ها بودند.

بخش اعظم قربانیان را غیرنظامیان از جمله روستاییان، کارگران، پیشه‌وران و دانشجویان تشکیل می‌دادند. در این جنگ داخلی یک میلیون نفر در داخل گواتمالا کشور کوچک آمریکای لاتین آواره شده و بیش از 200 هزار نفر به کشورهای دیگر پناهنده شده و 100 هزار نفر دیگر نیز ناپدید شدند..

به این ترتیب، در روز 29 دسامبر سال 1996 میلادی دولت گواتمالا و چریک‌های اتحاد انقلابی ملی گواتمالا یک توافق برای یک صلح واقعی و نهایی را امضا کردند. این توافق رسما به 36 سال جنگ داخلی مرگبار گواتمالا پایان بخشید.

تنها پس از این توافق صلح بود که دولت گواتمالا خصوصیت چندقومی و چندزبانی را در این کشور به رسمیت شناخت و فرهنگ نژادپرستی به یادگار مانده از دوران استعماری خاتمه یافت.

مستشاران نظامی آمریکایی و سازمان سیا در زمان جنگ داخلی گواتمالا به دولت این کشور کمک می‌کردند. در مارس 1999 رئیس جمهوربیل کلینتون در بازدید از گواتمالا سیاست دولت خود را در قبال این کشور یک اشتباه دانست و آن را مورد انتقاد قرار داد.